HANDA-om upravlja Upravno vijeće, imenovano od strane Vlade Republike Hrvatske, a temeljem prijedloga Ministarstva Republike Hrvatske zaduženog za energetiku (Ministarstvo gospodarstva, rada i poduzetništva). Članove Upravnog vijeća čine jedan predstavnik Ministarstva zaduženog za energetiku, jedan predstavnik Ministarstva Financija te tri nezavisna stručnjaka. Članovi Upravnog vijeća nisu zaposlenici HANDA-e.

Vlada Republike Hrvatske imenovala je Upravno vijeće HANDA-e 14-tog rujna 2006. godine (Narodne novine, broj 104/2006).

Za stručni rad i zakonitost poslovanja HANDA-e odgovara ravnatelj, koji ujedno samostalno i neograničeno zastupa HANDA-u.

Ravnatelj je izabran od strane Upravnog vijeća temeljem Javnog natječaja na rok od četiri godine. Za svoj rad, Ravnatelj je odgovoran Upravnom vijeću.